Trên tinh thần đó, 9 gói thầu của dự án đã được đồng loạt triển khai. Các nhà thầu với quyết tâm rất cao đã chủ động vượt lũ, thắng lũ, thi công nhanh phần hạ bộ các trụ giữa sông - là phần việc khó khăn phức tạp nhất, để chủ động giữ vững tiến độ công trình. Riêng các gói thầu thi công phần cầu dẫn trên bãi, do công tác giải phóng mặt bằng chưa xong, nên tiến độ thi công cầu dẫn và các nút giao khác mức ở 2 đầu cầu đã không thể thực hiện. Phần việc trên bờ lẽ ra thi công thuận lợi nhất, thì lại bị kéo chậm tiến độ, so với thi công các phần nhịp chính giữa sông.
 

    Cuối quý III - 2006, nhà thầu mới nhận được mặt bằng để thi công nút giao quốc lộ 5. Bờ phía Nam, cầu dẫn cũng chưa được triển khai thi công do chưa bàn giao được mặt bằng. Những trở ngại do công tác giải phóng mặt bằng đã trói tay các nhà thầu và kéo lùi tiến độ thi công nhiều tháng. Qua nhiều lần lùi kế hoạch, ngày 8/11/2006, ông Nguyễn Quốc Triệu - Chủ tịch UBND TP lúc đó yêu cầu việc GPMB ở 2 quận Long Biên và Hai Bà Trưng từ 10 -15/12/2006 phải xong hoàn toàn. Các sở, ngành liên quan phải phối hợp chặt chẽ, làm đồng khởi, quyết liệt để tháng 9 - 2007 đưa cầu Vĩnh Tuy vào khai thác.

    Tuy nhiên, đại diện của Cục Giám định và quản lý chất lượng công trình (Bộ GTVT) cho rằng: Tiến độ mà Ban quản lý dự án Tả Ngạn đưa ra (tháng 9-2007 hoàn thành) là không thể. Bởi so với cầu Thanh Trì có quy mô tương tự, được thực hiện trong 48 tháng (chỉ phần cầu chính, chưa có nút giao), cầu Yên Lệnh thời gian thi công là 39 tháng... như vậy cầu Vĩnh Tuy với thời gian như trên là hết sức nặng nề, các cấp, các ngành phải nỗ lực tối đa mới đảm bảo hoàn thành nhiệm vụ. Bộ trưởng Bộ GTVT Hồ Nghĩa Dũng đã có buổi làm việc với lãnh đạo TP Hà Nội về tiến độ dự án cầu Vĩnh Tuy, xác định do vướng mắc về mặt bằng, khó khăn về tài chính, biến động xấu về giá cả, nguyên vật liệu và một số nguyên nhân khác, sẽ không thể thông xe vào tháng 9 - 2007.

       Bên cạnh đó, đơn giá thi công bị đội lên rất cao so với thời điểm phê duyệt dự án (năm 2004). Tất cả các nhà thầu đều phải “nghiến răng” thắt bóp hầu bao chịu đựng giá xăng dầu, sắt thép leo thang với tốc độ phi mã. Cơ chế cho vay tài chính phải có thế chấp và lãi suất cao đã đánh “nốc ao” nhà thầu khó gượng dậy. Làm đến đâu lỗ đến đấy, càng làm càng lỗ nặng, bởi vậy phải “hãm phanh” giảm nhịp độ, chờ nhà nước điều chỉnh trượt giá. Bộ trưởng và lãnh đạo TP thống nhất chỉ đạo các cơ quan liên quan tháo gỡ khó khăn về GPMB, về vốn, nhằm đẩy nhanh tiến độ xây dựng cầu, xem xét điều chỉnh trượt giá theo đúng các quy định của pháp luật. Thời hạn thông xe kỹ thuật được ấn định vào trước Tết Âm lịch 2008, thay vì vào 2-9-2007 như đề nghị của Hà Nội trước đó.
 

         Cuối năm 2007, trên cương vị tân Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội - ông Nguyễn Thế Thảo kiểm tra tiến độ cầu Vĩnh Tuy đã khẳng định: Việc xây dựng cầu Vĩnh Tuy không chỉ có ý nghĩa kỷ niệm 1.000 năm Thăng Long - Hà Nội, mà còn có giá trị quan trọng trong phát triển kinh tế - xã hội, nên Chính phủ cho phép thành phố áp dụng một số cơ chế đặc thù. Chủ đầu tư và các nhà thầu phối hợp rà soát lại toàn bộ các hạng mục, xác định chuẩn thời điểm thông xe để công bố cho nhân dân biết. Và ông cũng trao đổi, lời lẽ khá gay gắt: Bao giờ người dân có thể đi qua được trên cây cầu này (?) đó mới là cốt yếu. Điều lo lắng nhất là liệu có lặp lại điệp khúc thông cầu nhưng không thông đường lên, như ở cầu Thanh Trì?

        Sáng chủ nhật 21/4/2008, chúng tôi có mặt tại nơi tiếp giáp 2 cánh dầm trụ cầu số 22 và 23 nằm giữa sông Hồng, ở độ cao cách mặt sông chừng 30 mét. Quả thật, có lên đây mới cảm nhận hết sự hùng vĩ của cây cầu đang trong giai đoạn hoàn thiện. Ks Trần Ngọc Châu thuộc Ban điều hành dự án cầu Vĩnh Tuy nhà thầu Thăng Long chỉ cho chúng tôi điểm nối 2 cánh dầm vươn ra từ 2 trụ cầu đã được đặt ván khuôn của xe đúc. Đây là điểm hợp long nhịp dầm đúc hẫng khẩu độ 135 mét- là nhịp lớn nhất, so với các cầu ở nước ta hiện tại. Điểm hợp long này mang ký hiệu KN6, được giao cho Đội 705 Công ty Cầu 7 Thăng Long thực hiện. Đội trưởng Nguyễn Văn Hỡi, thợ bậc 6/7 chỉ huy tốp thợ đang lắp cốt thép cho biết: Gần 8 tấn thép cường độ cao cho mối nối này đấy. Chúng tôi đang chờ tư vấn nghiệm thu, chỉ hai ngày sau (ngày 24/4) đẹp ngày là đổ được bê tông. Trước đây một khối hợp long mất 10 ngày, đội của anh Hỡi đang cố gắng hoàn thiện trong 7 ngày.   

    Phía trụ cầu bên kia lực lượng thi công của TCT XDCTGT 1 cũng đang điều chỉnh xe đúc dầm để thực hiện mối hợp long KN5 giữa 2 cánh dầm trụ 21 và trụ 22. Kỹ sư Vũ Đăng Khoa - Giám đốc Ban điều hành của TCT Thăng Long cho biết: “Quân Tổng 1 sẽ thực hiện mối nối cuối cùng cầu Vĩnh Tuy đúng ngày Quốc tế Lao động 1-5, đó cũng là một dấu ấn, một kỷ niệm dễ nhớ của cây cầu này”. Anh cũng cho biết thêm, thời gian qua công trường liên tục bị cắt điện lưới, phải chạy máy phát để làm việc, nên không đủ công suất cho xe cẩu hoạt động di chuyển xe đúc dầm, tiến độ thi công bị ảnh hưởng khá nhiều.